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年4月3日，自然资源部
最新一轮机构改革更加明确了“大部制”改革的方向：将国土资源部的职责，国家发展和改革委员会的组织编制主体功能区规划职责，住房和城乡建设部的城乡规划管理职责，水利部的水资源调查和确权登记管理职责，农业部的草原资源调查和确权登记管理职责，国家林业局的森林、湿地等资源调查和确权登记管理职责，国家海洋局的职责，国家测绘地理信息局的职责整合，组建自然资源部，作为国务院组成部门。
（二）不断独立、冉冉升格的生态环境部
年，由万里任组长的官厅水系水源保护领导小组成立，这是我国成立最早的环保部门。年设立的国务院环境保护领导小组办公室是我国环境保护方面的国家机构。
年，经过第一次机构改革，环境保护局成立，归属当时的城乡建设环境保护部，也就是建设部。年12月，城乡建设环境保护部环境保护局改为国家环境保护局，仍归城乡建设环境保护部领导。年7月，国家环境保护局从城乡建设部分离，明确为国务院综合管理环境保护的职能部门，作为副部级的国务院直属机构。年，国家环境保护局升格为国家环境保护总局（正部级）。在年的国务院机构调整中，国家环境保护总局升格为环境保护部，从国务院直属机构变为国务院组成部门，更多参与综合决策，显示环境影响在*府决策中的分量提高。但部分环保职能仍分散在其他部门，如：污染防治职能分散在海洋、港务监督、渔*、渔业监督、*队环保、公安、交通、铁道、民航等部门。
年新一轮国务院机构改革之前，国土资源部与环境保护部在资源管理与环境污染防治方面，已形成各有特色的行*职能集中
。不过两部的机构设置特点是：资源保护与环境保护的主功能，与其他涉及环境资源保护的行*管理领域次功能结合，保护职能的集聚与分散并存。这种设置的优点是有统有分，便利管理；缺点是其他行*管理领域的次功能分散了主功能的重要性，次功能被掩盖或从属于其他部委的主功能之中。
二、年机构改革：基于“系统论”的自然资源与生态环境“大部制”
（一）一张著名的网状图——“九龙治水”
（二）一只“典型性”青蛙和一群国际“候鸟”的故事
年之前的自然资源管理，是比较典型的资源要素管理，也就是对上图中“山水林田湖草海”这些要素的管理。著名的“青蛙故事”能予以清楚说明：
有一种珍稀青蛙，生活在湖泊、湿地和周围的农田、山林之中。为保护好它，法律赋予林业和渔业部门管理职责。大型湖泊和水库同时归水利部门管理，与此同时，农田、山林涉及国土部门。这样一来问题就出现了：青蛙在水里游就归渔业部门管，跳到岸上就归林业或者国土部门管，被人抓了呢，就归工商部门管……。
这一故事虽然看似离谱，却折射出了自然资源要素管理中的一个重要问题：
生态系统的管理被行*机构的“条块化”职权分割了
。
另一个故事与上海有关。上海有四个自然保护区，分别属于四个部门管理：国家级的九段沙湿地自然保护区，由上海市环境保护局主管；省级的金山三岛海洋生态自然保护区，由上海市水务局（与上海市海洋局合署办公）主管；省级的长江口中华鲟自然保护区，由上海市农业委员会主管；国家级的崇明东滩鸟类自然保护区，由上海市林业局主管。崇明东滩鸟类自然保护区同时还是国际重要湿地。
比较尴尬的是，不仅这四个保护区级别不一，主管部门各不同，而且崇明东滩鸟类自然保护区与长江口中华鲟自然保护区有至少一半的面积是重叠的，因为两个受保护物种本身的生态栖息地就是重叠的，但由两部门分管。更尴尬的是，崇明东滩鸟类自然保护区由于主要位于滩涂湿地之上，根据《上海市滩涂管理条例》，上海市林业局管理人员进出东滩保护区需要由该滩涂主管部门也就是上海市水务局发放许可证。在这种交叉重叠式管理之下，许多精力都消耗在无谓的部门间协调了。
（三）自然资源一直具有经济资源与生态系统的双重属性
历史地看，自然资源管理权限的划归方向是混杂的。年机构改革之前的更早时期，我国在自然资源管理上有着强烈的经济产业属性。一大批产业型管理部门，像农林牧渔部、水利部、石油工业部等，既负责相应的产业发展，又负责相关类目的自然资源管理。
自然资源由产业部门管理，决定了最好的结果也只是对资源的合理开发，而非掠夺式开发，只能是
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